總督源于明初朝廷臨時派遣大臣進行軍務巡查時，授予的一種帶有軍事性質官職，也是貫穿于明清兩朝的地方重要官職。明景泰二年（1451）十月，隨著漕運總督的設立，明廷將總督制度化、常設化。當年，都察院右僉都御史王竑便被授任為首任漕運總督，并兼淮安巡撫，駐淮安府城，與漕運總兵共理漕政。
    明代的總督并沒有品秩，總督的官階都是按本身最高職務來算，所以就出現了漕運總督、漕運總兵二人在公文上落款署名有先后的問題。每一任總督在每一個時期，甚至每一個月的職務都有所不同�？赡芮耙粋�月以都察院右都御史任漕運總督，后一個月就升為都察院左都御史，那此時相應的落款署稱就會有變化。
    漕運總督是簡稱，這個官職在不同時期因為官職的累加、減少而有所不同，明代時也包含了重要的巡撫職責。
    成化元年（1465），應天巡撫所屬的安慶府來屬，此時稱為“總督漕運，巡撫鳳陽、淮安、揚州、廬州、安慶并徐、滁、和府州地方”。成化四年（1468），安慶府回屬，職銜又恢復。
    嘉靖三十二年（1553），漕運總督兼理海防，職銜全稱即為“總督漕運，巡撫鳳陽、淮安、揚州、廬州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。
    嘉靖四十年（1561），漕運總督提督江北四府三州軍務，職銜的全稱也立即增為“總督漕運，提督軍務，巡撫鳳陽、淮安、揚州、廬州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。
    當然，除了官職累加之外，有時漕運總督的職責也會被裁撤，尤其是巡撫。要么由漕運總督向皇帝提出，奏請減少漕運公務外的繁忙兼理，要么是由朝廷直接裁革。
    如：天順元年（1457）漕撫分設，天順七年（1463）復舊制；成化八年（1472）漕撫分設，成化九年（1473）又復舊制。正德二年（1507）朝廷直接裁革鳳陽巡撫一職，正德五年（1510）又恢復了鳳陽巡撫，職責仍歸漕運總督。正德十三年（1518）漕撫又分設，正德十六年（1521）又復舊制；嘉靖三十六年（1557）再漕撫分設，嘉靖四十年（1561）仍復舊制；萬歷二十六年（1598）漕撫分設后，于萬歷三十年（1602）復舊制，便不再有改動。萬歷五年（1577），河道總督被裁撤，至萬歷七年（1579）漕運總督總理河道，后在萬歷十五年（1587）河道總督復設后，漕運總督便不再兼管河道。
    這些僅僅是明代漕運總督本身的官銜全稱，其他諸如都察院御史、侍郎、尚書等官銜，便因各官任職的不同而不同，并不是擔任漕運總督就必須是都察院御史或者是尚書。
    到了清代，漕運官制基本延續明制，沒有了漕運總兵便以漕運總督為核心。與前明有所不同是，清代明確了總督的官階品級。
    清代總督官職應為從一品，從乾隆十八年（1753）起，又以漕運總督、河道總督無地方責，授銜視巡撫，其官銜被定格在從二品上。但在實際人事任免中，“九品十八階”定格的總督均為正二品官職，加之康熙三十一年（1692）定總督加銜制后，漕運總督也與地方總督一樣，可以通過兼兵部尚書等銜高配至從一品，且依然直接對皇帝負責，并可專折進行奏事。
    總督雖始于前明，但到了清代中后期，其在地方上對軍權的掌控要遠大于之前。而作為有功的大員，軍機處會在每年只以一、二品大臣，且年滿六十歲以上者，開單請旨，賜“紫禁城騎馬”，通常都會得到皇帝的恩準，漕運總督中就有不少人得到過這樣一個莫大的榮譽。
    清代的漕運總督全稱為“總督淮揚等處地方，提督漕運、海防、軍務，兼理糧餉”。如依據全稱來講，其實不應簡稱為漕運總督。在清末政務處在與吏部商議準備裁撤漕運總督之時，就曾提到：“漕督之設，原不專為治漕�！逼湔�確的簡稱應為淮揚總督，官職中也明確了淮揚總督負責提督漕運的職能，但可能因為轄境和兩江總督重迭，且實際工作逐步以漕政為主，“漕運總督”自然又成為“淮揚總督”的別稱。而正因如此，從順治二年（1645）起，并貫穿于整個清代，“淮揚總督”和“漕運總督”簡稱混用，且頻繁出現在各個時期的奏章、書籍、文檔中。
    當然，也有一段時間是正式被稱為漕運總督的，這便是在順治六年（1649）到十七年（1660）間，漕運總督兼任鳳陽巡撫，職銜有別于清代其它時期，即為“總督漕運、巡撫鳳陽、淮安、揚州、廬州并徐、滁、和府州地方，理海防、軍務，兼理糧餉”，和前明類似也有所不同。順治十七年（1660）二月，漕運總督蔡士英奏言：“國初，設總督一員駐淮安，鳳陽巡撫一員駐泰州；自順治六年（1667）巡撫標兵調入粵西，遂撤鳳撫，歸并漕督，漕務海防，勢難兼理，請仍照初制專官分任�！贝撕�，鳳陽巡撫遂不再由漕運總督兼任。
    乾隆時期，有一位漕運總督非常著名，他便是乾隆皇帝兩題御詩給他的楊錫紱。在尚存于淮安由其題寫的一塊匾額中，他的落款署稱為：“誥封光祿大夫太子太保兵部尚書總督淮揚等處漕運兼理海防軍”。
    由此可以看出，明清時期官員的官職全稱，都是以累加形式存在，不是正式公文還會出現縮寫。在該匾額中，楊錫紱所署減去了“等處”后面的“地方提督”四字、“軍”后面的“務”字，以及“兼理糧餉”字樣，這有可能和匾額的排版格式、字數有關。匾額中會將重要官職、敕封放在前面，而不同于正式文書落款時將當前職務排列于前。
    到了咸豐十年（1860），農民軍四起，漕運總督四處圍剿，朝廷又授予了其節制江北諸鎮、諸道之職。此時官職全稱便為“總督淮揚等處地方，提督漕運、海防、軍務，兼理糧餉，節制江北諸鎮、諸道�！�
    光緒三十年（1904）十二月，朝廷將王朝的最后一任漕運總督索綽羅·恩壽裁改為江淮巡撫，與江蘇巡撫分治，同歸兩江總督管轄。光緒三十一年（1905）三月十七日，署兩江總督兼南洋大臣周馥上疏：“亦以分設行省，不如改設提督駐扎為合宜”，建議改淮揚鎮總兵為江淮提督，裁撤江淮巡撫”。當日，朝廷便發出了上諭：“江淮巡撫即行裁撤，所有淮揚鎮總兵著改為江北提督”。至此，走過了明、清兩個王朝，掌管了450余年朝廷命脈的漕運總督隨著時代的發展悄然消失。
    光緒三十一年（1905），已經被裁改的江北提督（兼漕河鹽務）劉永慶在已廢止的總督署上建起了學校，即江北陸軍學堂，這也在日后為清廷培養了一批重要的軍事人才。